内閣により閣議決定し、予算化されて国会（衆議院・参議院）を通過し承認された場合に申し込みが可能となります。
ただし、小規模事業者持続化補助金の場合、中小企業庁の準備が完了し、申し込みの受け皿である全国商工会議所、及び商工会連合会(中小企業基盤整備機構)が受け入れ可能になった場合に募集が開始されます。
補助金とは、公共事業を官公庁が行う代わりに、民間のアイディアを使い民間に委託する公共事業にほかなりません。
管理統括を各省庁が行い（または補助金事務所に委託し）、小さな公共事業を数多く行うことで、税金を手の届かない事業者へ再分配する、正当な利用方法として流用する非常に理にかなった方法です。
そのため非常に厳格な取り決めがあり、取り決めを守れない事業者には最悪補助金交付を行わない、または返還を求めることが行われます。
また、事業再構築補助金やＩＴ補助金、ものづくり補助金の場合もほぼ同じです。

※以下4/10追記

小規模事業者持続化補助金の場合、全国の市にある商工会議所の推薦状（様式４）の採択者を１とした場合、郡部を中心に展開している商工会の採択者が必ず2になります。
つまり30件採択する場合、商工会連合会からの公募者が20件採択され、商工会議所からの公募は10件になります。
過去の採択事例から考えると、商工会連合会に関しては書類の提出日に関係なくすべて審査を行ったうえで採択者が決定されています。
しかし、商工会議所に関しては先出採択の傾向が強く出ます。
どういうことかというと、商工会議所の採択者はそもそも少ないのに公募者が非常に多いため全部を審査しても意味がありません。
予算が決まっているので予算に達した段階で書類を読むことなく不採択になっています。
全く同じ内容で複数を提出したことがありますが、公募開始すぐに提出したものは採択され、同じ内容で公募締め切り間際に提出した案件はことごとく落ちました。
建前上、全件審査しているとなっていますが、私が審査員でもそんな無駄なことはしませんｗ
予算が決まっていて早い時期から審査して、金額を積み上げて予算に達したらその後はどんな優秀な公募書類が出てきても以前の誰かを落とす作業が面倒ですからｗ
ということで商工会議所管轄の皆さんは、公募開始後２～３日で書類を提出した方がいいですよ
（商工会議所は様式4を書くのを嫌がるとは思いますが、早期提出したいという熱量を訴えてください）
この辺は個人で提出してたら絶対にわからないですよねｗ